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在鱼菜共生系统中，菜的种植就是采用就是水培、雾培以及基质培，在这里的基质培只能选用岩棉基质。对于水培与雾培来讲，它营养成分主要是来源养殖中鱼的粪便进行一系列的发酵，形成作物生长需要的肥料。这个与传统的无土栽培基本类似，经过植物吸收后，还会流入到养殖区域，不过经过种植设施的水需要经过过滤处理，才能再次流入到养殖区域中。




基质栽培法：养殖水体直接与基质培的灌溉系统连接，养殖区排放的废液直接以滴灌的方式循环至基质槽或者栽培容器，经由栽培基质过滤后，又把废水收集返回养殖水体，这种模式设计更为简单，用灌溉管直接连接种植槽或容器形成循环即可。大多用于瓜果等较为高大植物的基质栽培，需注意的地方是，栽培基质必须选质如豌豆状大小的砾石或者陶粒，这些基质滤化效果好，不会出现过滤超载而影响水循环，不宜用普通无土栽培的珍珠岩、蛭石或废菌糠基质，这些基质因排水不好而容易导致系统的生态平衡破坏。

种植浮床制作及成本生产上常见的浮床类型有PVC管浮床、泡沫板浮床、塑料浮岛浮床和竹子浮床等，其中以PVC管浮床应用广。PVC种植浮床用PVC胶将PVC管和直角弯头粘接密封，制成长方形框架，框架上层和下层包聚乙烯网片，浮床底部下挂网纱，用以保护水培蔬菜根系。PVC管浮床的规格不宜过大，避免搬挪困难，生产上常见的浮床规格长2m×宽1m或长1.5m×宽0.8m。